Rügenfürst Witzlaw I. gestattete 1231 Arnold von Altenkamp, Abt des Zisterzien-serklosters Altenkamp am Niederrhein (heute Stadt Kamp-Lintfort) die Neugründung einer Abtei. Dieses Tochterkloster führte bald den Namen Neuenkamp. Bestandteil der Stiftung waren auch der Ort Richtenberg mit einer Salzquelle. Mit dem Erwerb des Ortes Pennin, dessen Flur bis an die Barthe und den Borgwallsee reichten, vergrößerte das Kloster seinen Besitz erheblich. Zugeordnet waren dem Kloster auch die damals schon existierenden Dörfer: Müggenhall, Papenhagen, Grün-Kordshagen, Endingen, Negast und Elmenhorst.

Schon um 1300 war Steinhagen ein Pfarrdorf mit Gut. Mönche stauten Bäche und Flüsse, um Wassermühlen zu betreiben. Viele Ansiedler fanden hier wegen der güns-tigen Bedingungen eine neue Heimat. Sie waren frei von Abgaben und sonstigen Belastungen. Seelsorgerisch war die Gemeinde Steinhagen mit der Fertigstellung der Kirche durch den eingesetzten Pleban, einem nicht an einem Kloster gebundenen Weltgeistlichen, unabhängig geworden.

Mit der Säkularisation des Klosters Neuenkamp ging im 16. Jh. das Patronatsrecht an die Pommerschen Herzöge über. Doch schon 1603 verabschiedeten sich die Pommerschen Herzögen von Franzburg und siedelten über nach Stettin. 1631 wurde das Patronat Johann von Schewen, Hauptmann und Ratsherr in Stralsund übertragen. König Gustav Adolph von Schweden hatte es ihm mit dem Gut Steinhagen und allem Zubehör und mit Einwilligung des Herzoges von Pommern erblich gepfändet.

Nach dem Tod des Johann von Schewen in Jahre 1643 wurde der gesamte Besitz auf die Kinder verteilt. Bernhard, geadelt als Schäwenbach, bekam Endingen, Lendershagen und Steinfeld. Das Gut Steinhagen mit all seinen Gütern, Pennin, Moysall und Seemühl und auch das Patronats-Recht kam in der Erbteilung an seine Tochter Maria, die mit Martin Klinkow in Stralsund verheiratet war. Martin Klinkow (1613–1663), ein Stralsunder Ratsherr, war der Stammvater aller Klinkowströms.

Durch die Reduktionskommission war 1696 den von Klinkowströms das Recht an den sogenannten Gustavianischen Gütern abgesprochen worden. Als es um die Rückgabe der Domänen in Schwedisch-Pommern ging, kam im selben Jahr zu einem Vergleich vor dem Hohen Tribunal in Wismar. Das Gut blieb daher bis zur Rückzahlung der Schewenschen Kaufsumme in den Händen des Oberstleutnants von Klinkowström.

Nach dem Nordischen Krieg war es mit dem Lehen endgültig vorbei. Das Land hatte einige Jahre unter der Krone Dänemarks gestanden. Nachdem Schweden 1721 das Land wieder in den Besitz genommen hatte, war es den Klinkowströms 1724 genommen und nun wieder uneingeschränkt in den Besitz des Königs von Schweden gefallen. Die Güter wurden verpachtet. Das Patronatsrecht wurde von der Königl. Regierung in Stralsund verwaltet. Die Kirchen-Rechnungen wurden von dem jeweiligen Amtshauptmann im Königl. Amt Franzburg aufgenommen.

1815 kam Vorpommern und somit auch Steinhagen zur preußischen Provinz Pommern. Die Gemeinde war dann bis 1952 Teil des Landkreises Franzburg-Barth und gehörte danach bis 1994 zum Kreis Stralsund im Bezirk Rostock. Seit 1990 gehört Steinhagen zum Land Mecklenburg-Vorpommern und mit der Gebietsreform von 2011 zum Landkreis Vorpommern-Rügen.